农作物种子分为常规种和杂交种。常规种一般是指同一品种的父本和母本通过自然授粉形成的种子，在杂交种出现之前，农民一直通过自留常规种来种植庄稼。杂交种是通过一定技术和方法将一个品种的花粉授给另一个品种，从而结实产生的种子，杂交种能够综合、甚至会超越父本母本两个品种的优势。根据不同农作物的特点，种子类型也有所不同，如目前玉米基本都是杂交种，而大豆、小麦则多为常规种，水稻既有杂交种又有常规种。如果杂交种自行留种种植，后代会因发生性状分离，导致作物整齐度不一、农艺性状显著下降，严重影响产量和品质，所以实际生产中一般不留种。比如，玉米杂交种具有产量高、抗病虫害能力强等优势，但是种子来年再种则会发生参差不齐、性状不优、产量下降的情况，因此不宜留种，需要购买新种。但对于常规种来说，可以继续留种。因此，作物能不能留种和转基因没有直接关系，关键在于种子本身是常规种还是杂交种。
种子一般由种皮（有保护作用）和胚（包括胚根、胚芽、胚轴、子叶）组成，部分种子还含有胚乳，只要种子具备上述完整的结构和活力，在适宜的温度、水分等条件下，它就可以吸收土壤中的水分和营养，突破种皮发芽。种子发芽率与温度、湿度、化学抑制剂处理等因素有关，跟是否为转基因无关。市场上小麦、玉米、水稻等作为粮食出售时，为了防止发芽带来的损失，有时候会进行灭活处理，例如使用高温熏蒸等措施来破坏种子的内部结构，所以一般买来的粮食是不能发芽或者发芽率不高的，这与是否为转基因粮食也没有任何关系。